A XIX. század utolsó évtizedében, a millennium előkészületeinek jegyében vetődött fel egy balatonvidéki múzeum létrehozásának gondolata. 1925-28 között épült fel az egykori hercegi telken a neobarokk épület, Györgyi Dénes tervei szerint. A belső munkálatok ugyan még az 1930-as évek végéig elhúzódtak, ennek ellenére 1935-ben a gyűjteményeket már beköltöztették a múzeum falai közé. Elsőként a természettudományi kiállítás nyílt meg, később a régészeti anyagot mutatták be.
1980-1986 között az épület műszaki korszerűsítése és felújítása zajlott le, 1986-tól 2008-ig pedig komplex kiállítás mutatta be a Balaton és környékének életét. A 2009 második felében nyíló új állandó kiállítás korszerűsített installációval, újszerű szemléletmóddal tárja a látogatók elé a Balaton jelenkori és régi világát.