A Szent János által alapított Irgalmas rend 1796-ban hozott létre kórházpatikát Pécsett. 1891-ben a templom és a patikaszárny északi homlokzatát neoreneszánsz stílusban átépítették.
Az egykori irgalmas rendi patika diófa borítású bútorzata a 18. század végén készült XVI. Lajos stílusában. A bútorzat különlegessége, hogy megjelenik rajta a stilizált gránátalma ábrázolás. A gránátalma a görögöknél a termékenység jelképe, a középkorban Mária irgalmát szimbolizálta, így vált később az Irgalmas rend emblémájává. A falkép-festések restaurálása során részben megsemmisült freskókra bukkantak. Főként gyógynövény-ábrázolások kerültek elő, mint például a csattanó maszlag a gyógyszerészetet jelképező kígyós kehellyel, illetve a gyűszűvirág és a mákvirág gubójával. A berendezés negyvenévi hányattatás után kissé hiányosan került vissza eredeti helyére, ennek ellenére azonban az ország egyik legértékesebb múzeumpatikája, amely ma is működik.