A Széchenyi tér déli oldalát az Irgalmas rend temploma és kolostora zárja le. Az épülettömb 1887-1891 között eklektikus stílusban átalakításra került, de berendezésének nagy része barokk. 1908-ban Graits Ede a templomtér boltozatára Tiepolo-festmények másolatait festette. A templom homlokzatát oszlopok tagolják három részre. Középen, az ívelt fülkében Mária szobor látható, mely Kiss György alkotása. A torony a homlokzat közepéből emelkedik ki.
Az itt álló telken 1698-ban kapucinus szerzetesek telepedtek le, majd hamarosan megkezdték a templom építését, melyet 1727-ben szenteltek föl. Később rendházat is építettek templomuk mellé. A templomhoz keletről csatlakozó egyemeletes rendház építését 1731-ben fejezték be. Ezután nyugat felől kápolnával bővítették a templomot. Az 1744. évi nagy tűzvész elpusztította mind a rendház, mind a templom éghető részeit, néhány év alatt azonban sikerült újjáépíteni. 1786-tól, a kapucinus rend feloszlatása után a rendházat világi célokra használták. 1796-ban egy pécsi tímár mester alapítványt hozott létre irgalmas rendi kórház építésére. 1873-ban 40 ágyasra bővítették a kórházat. 1928-ban elkészült a patika ma is meglévő földszinti homlokzata. 1940-41-ben a régi kórházépület részbeni felhasználásával Haraszti Károly tervei szerint kétemeletes kórház épült. Az Irgalmas rendet, mely főképp betegápolással foglalkozott, Szent János alapította 1540-ben. Ennek emlékére helyezték el az őt ábrázoló domborművet a templom Irgalmasok utcájára néző falán, amely Mayer Ede munkája. A templomba belépve egyhajós, dongaboltozatú térbe jutunk, a szentély egyenes záródású. Az intarziás főoltár különösen figyelemreméltó, az oltárkép, mely olasz barokk alkotás, Szent Sebestyén vértanúságát ábrázolja. A nyugati oldalon négyzetes kápolnát találunk. A templom orgonája a valamikori pécsi Angster Orgonagyárban készült. A falakon elhelyezett feliratos, címeres sírkövek arra utalnak, hogy a kriptában pécsi polgárok nyugszanak.
Kövessen minket