A 18. században egy török dzsámi helyén és felhasználásával, a pálos szerzetesek építették 1741-56 között, egy pálos szerzetes Vépi Máté tervei szerint. A későbarokk stílusú templomot eredetileg a Szentháromság tiszteletére szentelték fel. A tornyok 1778-79-ben épültek. Miután a pálos rendet 1786-ban feloszlatták, az épület egészen 1832-ig használaton kívül maradt. Berendezéseit az egyházmegye más templomai között osztották fel. Szepesy Ignác püspök vette használatba újra, a rendházat iskolává, úgynevezett lyceummá alakította, a templomot pedig az ifjúság istentiszteleti céljaira bocsátotta. 1923-ban, mikor a pozsonyi Erzsébet Egyetemet Pécsre helyezték, egyetemi templomnak nevezték ki. 1930 körül újrafestették a belső teret, ezek az alkotások a pécsi Gebauer Ernő munkái. A templomhoz kapcsolódik az egykori pálos kolostor barokk épülete, amely ma a Széchenyi Gimnázium otthona. A templomot 1997-ben vette át újra a pálos rend.