A kolozsvári egyetem Szegedre költözésekor, 1922-ben a város 20 kh szántóföldet ajándékozott az egyetemnek füvészkert létesítése céljából. A növényekkel történő betelepítést az alapító igazgató, Győrffy István 1925-ben kezdte, gyűjtőutak anyagának felhasználásával. 1928-ban ártézi kút, 1929-30-ban növénynevelő üvegház létesült, 1931-ben készült el az első tó. Ugyanebben az évben jelent meg az első magcsere-katalógus (Index Seminum). 1932-ben az óföldeák-gencsháti Návay kastély tavából került Szegedre az indiai lótusz, ami azóta is a kert különleges látványossága. Sajnos, az óföldeáki állomány megsemmisült. 1940-től Greguss Pál professzor töltötte be az igazgatói posztot. Nevéhez fűződik az akkori kert elsősorban az oktatást szolgáló, didaktikai célú gyűjteményeinek kialakítása (rózsakert, sziklakert, arborétum, rendszertani gyűjtemény), s a szecsuáni (délkínai) ősfenyő betelepítése. 1952-58 között üvegházakat építtetett a trópusi haszon-növények bemutatására.