Eger és környéken már a kőkorszak óta laknak, majd a korai középkortól kezdve avarok, szlávok és németek éltek ezen a területen. A magyarok ősei a 10. században telepedtek le itt, a 20. századból pedig már honfoglalás kori leletek kerültek elő. Szent István a 10 püspökség egyikének székhelyévé nevezte ki és nagyon gyorsan jelentős központtá fejlődött, majd 1241-ben a tatárok felégették. A város újraépítése 1248-ban kezdődött, ekkor már kővár épült a régi helyére, az erdők nagyrészét kiírtották és szőlőt telepítettek a helyére, kialakultak a várhoz vezető utak és több közeli település épült egybe Egerrel. 1514-ben ismét felégették a várost a parasztlázadás idején. 1552-ben a végvárat egy török támadás érte, melyet a vár védői visszavertek. A történetírók és történészek szerint a törökök 30-40 ezren lehettek, akiket 2100 magyar várvédő vert vissza. A támadás után a várat teljesen újjáépítették, majd mire az átépítés befejeződött 1596-ra újabb török ostrom indult Eger ellen, melyet a védősereg nagyjából három hét ellenállás után feladott. A város 91 éven át volt török kéz alatt.
1687 decemberében foglalták vissza a várost a keresztény csapatok, de mivel az ostrom alatt a város házai és maga a vár is leromlott, újabb építések, felújítások következtek. 1688-ban szabad királyi várossá nyilvánította Egert I. Lipót, mely 1695-ig tartott mikor újra püspöki várossá nyilvánították. Egerben volt a fejedelem főhadiszállása a Rákóczi szabadságharc alatt.
A viszontagságok után, a 18. század már a virágzás időszaka volt. Az egri püspökök kialakították a mai városképet, sok iparos, kézműves, kereskedő érkezett a városba, a lakosság száma megugrott, 1787-ben Eger volt Magyarország hatodik legnépesebb városa. 1740-ben Foglár György jogi iskolát alapított, 1769-ben nyílt meg Magyaroszág első akadémiája, mely később 1775-ben meg is szűnt.
Az 1800-as évek rosszul indultak, leégett a belváros fele, a vár déli fala leomlott maga alá temetve több lakóházat. 1827-ben a belváros újra leégett, és kolerajárvány is pusztított.
1854-ben Eger felszabadult az egyházi hatalom alól. A város fő iparágai ekkor a dohánygyár, lemezárugyár és malomipar volt. 1878-ban hatalmas árvíz pusztította Egert és belvárosát. 1904-ben elkezdődtek az első közművesítési munkálatok, megnyílt az első színház.
1925-től az első világháború után nagy építkezések, a gazdasági élet felpezsdülése kezdődött. 1933-ban kapott engedélyt Eger a gyógyfürdő kiépítésére. 1944-ben a városon áthaladó visszavonuló német csapatok rongáltak, gyárakat, üzemeket tettek tönkre, állatokat hajtottak el, több embert sebesült meg vagy halt meg.
A 70-es évektől kezdve sok épületet emeltek egymás után a városban. Fejlődésnek indult Eger, felújítottak régi épületeket, kialakították a főteret, rohamosan fejlődött az Egri Ipari Park is, 2008-ban pedig megnyílt az Agri Park.