A kincstár jellegében liturgikus tárgyakból áll: az ajándékozó püspökök, főurak a saját koruk stílusának megfelelő értékes ötvösremekeket, textilgarnitúrákat adományoztak az egyháznak. A XV-XVI. századból elsősorban magyar munkák, a XVIII. századtól egészen a múlt század elejéig az erős osztrák kapcsolatok miatt többnyire bécsi darabok kerültek a gyűjteménybe. A legnagyobb adományozók Zichy Ferenc, Simor János és Zalka János püspökök voltak. Rendkívül értékes a kincstár gótikus kelyhekből álló gyűjteménye, melynek legkorábbi darabja a XV. század elejéről származik.
A sodronyzománcos és filigrándíszes kelyhek a Mátyás-kori művészet gyönyörű emlékei. A XVII. század végén készült a kincstár egyik legszebb úrmutatója, melyet 1701-ben ajándékozott a Székesegyháznak Keresztély Ágost püspök. A győri kincstár textilemlékei a XV-XVI. századból származnak, egykor a templomi felszerelésekhez tartoztak vagy a liturgikus papi öltözékek darabjai voltak.
A muzeális könyvtár két értékes régi bibliotéka egyesítésével jött létre: az egykori Papnevelő Intézet és a Székesegyház régi könyvállományát tartalmazza. A Győri Egyházmegyei Kincstár és Könyvtár ma mintegy 67 ezer kötet könyvet, 190 ősnyomtatványt és 362 darab 1850 előtt készült kéziratot őriz. A legértékesebb könyv a Hunyadi Mátyás könyvtárából származó Korvina, illetve a Nagyváradról Győrbe került legnagyobb magyarországi kódex, a Zalka-antifonálé.
A kőtárban középkori, újkori kövek, kőmaradványok láthatók a győri Püspökvárból és a Székesegyházból. Kiemelkedő műtárgyak: Anjou-címer (14. sz.), keresztelő medence töredéke (13. sz.), gótikus mérműves ablak (15. sz.), püspöki címerek (16-18. sz.).
A kisteremben Lebó Ferenc szobrászművész kiállítása tekinthető meg.