Die Fläche von Budapest beträgt 525 Km2. Die Hauptstadt liegt im Komitat Pest, dessen 81 Siedlungen zur Agglomeration von Budapest gehören. Die Stadt ist 25 Km lang und 29 Km breit. Der tiefste Punkt ist die Oberfläche der Donau, die normalerweise 90 Metern über die Seehöhe liegt. Der höchste Punkt ist das János Gebirge mit 529 Metern.
Budapest spielt eine sehr wichtige Rolle im Verkehr des Landes, denn jede Autobahn und internationale Bahnlinie führt in die Stadt. Die Stadt wird von der Donau in einen nördlichen und einen südlichen Teil verteilt. An der rechten Seite befindet sich das hügelige Buda mit seinen mehr als 20 Hügeln und Gebirgen (inklusive das Budaer Gebirge). Am linken Ufer, an der östlichen Seite der Stadt liegt das Pester Flachland, das vom Nordosten durch die Gödöllőer Hügellandschaft begrenzt ist.
Die Budaer Seite gilt lieber als Wohn- und Erholungsgebiet mit vielen grünen Feldern (bis auf seine nördlichsten und südlichsten Teile, die industrielle Gebiete sind). Pest mit seinen großen Wohnvierteln ist das Zentrum der Industrie und Verwaltung.
Die Donau hat 3 Inseln in Budapest: Die Csepel Insel - nur der nördliche Teil liegt innerhalb der Stadt; die historische Margaretheninsel und die Óbudaer Insel. Die Insel von Szentendre befindet sich nördlich von Budapest und reicht bis zur Donaukurve.
Budapest ist die einzige Hauptstadt auf der Welt, die über natürliche Thermalquellen verfügt. Die zirka 125 Thermen produzieren täglich 70 Mio. Liter Thermalwasser, das bei einigen Quellen sogar 58 Celsius heiß sein kann. Dank dem Mineraliengehalt und der hohen Temperatur haben die meisten Thermalwasser eine heilbringende Wirkung.
Budapest hat mehrere Höhlensysteme, die durch das Thermalwasser gestaltet wurden. Das Bekannteste liegt unter dem Burggebirge (Várhegy), das die Bewohner seit Jahrhunderten - besonders im Fall von Kriegen oder Angriffen - als Bunker verwenden.