Spuren von Siedlungen aus der Steinzeit wurden gefunden. Menschen wohnten an beiden Seiten der Donau, wo Budapest heute liegt, wurden Urnen aus dem zweiten Jahrhundert v.Chr. der Bronzezeit auch entdeckt. Im sechsten Jahrhundert v. Chr. haben sich Skythen vom Schwarzen Meer hier angesiedelt und es gab Spuren dafür, dass keltisch-illyrische Stämme dieses Gebiet in den vierten/dritten Jahrhunderten v.Chr. bewohnten.
Ein wichtiger Moment in der Entwicklung der Stadt war der Bau einer römischen Festung im heutigen Óbuda. Dieser römische Stützpunk hieß Aquincum, es war in zivilen und militärischen Bezirken aufgeteilt und galt als Hauptstadt der Provinz Pannonia. Die Blütezeit der Stadt war in der zweiten Hälfte des zweiten Jahrhunderts v.Chr.
Im fünten Jahrhundert n.Chr. fegten die Hunnen über das Land und König Attila gründete ein neues grosses Königreich im heutigen Ungarn. Zwischen den sechtsten und neunten Jahrhunderten niederließen sich die Avaren im Gebiet, wo heute Budapest liegt. Um etwa 896 siedelten die Magyaren mit der Führung von Prinz Árpád im Gebiet der heutigen Óbuda. Später wanderten sie weiter in die Bergen nach Westen, um die Vorteile ihrer grösseren Beschützung ausnutzen zu können.
Um 1000 gründete Stefan I. König von Ungarn eine feudalische Staat nach dem mitteleuropäischen Modell und führte das Christentum ein. Ein Paar Jahre später siedelten Kaufleute aus Mittel- und West-Europa in Buda und Pest an und sie halfen bei der raschen Entwicklung der Stadt. Zwischen 1241 und 1242 erstürmten die Mongolen die beiden Städten der Donau, Buda und Pest. Ein Paar Jahre später wurden die Bauarbeiten der Budaer Burg verordnet von König Béla IV. beeendet. 1347 zog der königliche Hof wieder nach Buda, als der Bau der Festung zum Palast im zeitgenössischen gotischen Stil begann. Von da an wurde Buda eine königliche Stadt, Pest entwickelte sich zu einem erfolgreichen Handelszentrum. In der zweiten Hälfte des 15. Jahrhunderts erweiterte Matthias Corvinus den königlichen Palast und Buda zusammen mit Visegrád wurde das Zentrum der Renaissance-Kultur.
1526 nach dem Gewinn bei Mohács besetzten die Türken Buda und Pest. In der Zeit von Süleyman I. (der Prächtige) wurden viele Kirchen zu Moscheen umgebaut, schöne Badehäuser wurden erbaut und die Verteidigungsanlagen wurden modernisiert. Buda wurde der Sitz des Grossvezirs.
Es war schon 1686, als Karl von Lothringen Óbuda, Buda und Pest fürs Haus der Habsburger rückerobern konnte. Während der Regierung von Kaiserin Maria Theresia wurden verschiedene Maßnahmen genommen, die zu einem wirtschaftlichen Aufschwung in Buda und Pest führten. 1777 wurde Buda eine Universitätstadt, aber ein Paar Jahre später verlor es diesen Titel gegen Pest. Die linke Seite der Donau wurde bald das intelektuelle und politische Zentrum des Landes. Zwischen 1848 und 1849 fand eine Revolution von den liberalen Adligen statt.
Die Kettenbrücke wurde 1849 eröffnet, um die Vereinigung Óbuda, Buda und Pest beschleunigen zu können. 1867 wurden Kaiser Franz Josef I. und Kaiserin Elisabeth (Sissi) in der Matthias Kirche gekrönt. Die Österreich-Ungarische Monarchie der Donau wurde zum Leben gebracht. Das Jahr 1872 ist ein wichtiger Markstein in der Geschichte von Budapest, weil die drei getrennte Siedlungen von Pest, Buda und Óbuda derzeit vereinigt wurden. Eine grosse Stadt mit mehr als 150 000 Einwohner ist geboren. Budapest wurde offiziell die Hauptstadt von Ungarn und begann rasch zu wachsen. Es war die Blütezeit der Stadt, die mit der Jahrtausendfeier von 1896 übereinstimmte, als die erste U-Bahn Europas eröffnete wurde. Beim Ausbruch des ersten Weltkriegs wurden viele namhafte Industriebetriebe in der Budapester Region gegründet.
Infolge des Krieges erlitt Budapest schwere wirtschaftliche Rückschläge, die auch in den Jahren zwischen den beiden Weltkriegen fortsetzten. Gegen Ende des zweiten Weltkriegs fanden grosse Angriffe gegen Budapest statt, in denen die Stadt - vor allem das Burgviertel, in der die deutsche Armee verbarrikadiert war - schwer beschädigt wurde.
Ab 13. Februar 1945 wurde Budapest von sowjetischen Truppen kontrolliert. Im Herbst von 1956 fanden Volksaufstände gegen die Regierung statt, die leider von ungarischen und sowjetischen Truppen abgestellt wurden. Die Innenstadt war vollständig verwüstet.
In den 60er und 70er Jahren fanden viele Rekonstruktionen in der Innenstadt statt, wie die Eröffnung der Elisabeth Brücke, die Erwiterung der U-Bahn Linien, die Renovierung des alten Stadtzentrums insbesondere im Burgviertel und an den Donauufern, wo zwei luxuriöse Hotels erbaut wurden. Was danach kam, ist als Gulash Kommunismus bekannt, der einen Aufschwung im Tourismus verursachte. Die Zahl der Besucher aus Ost- und West-Europa und den USA erhöhte sich schnell.
1989 konnten die Ereignisse von 1956 aus neuem Aspekt betrachtet werden und am 16. Juni huldigten Tausende von Leute dem ehemaligen Ministerpräsidenten Imre Nagy, der vor 31 Jahren geschändet und hingerichtet wurde. Diese politischen Veränderungen führten zum Abriss des Eisernen Vorhangs an der österreich-ungarischen Grenze und Tausende von Ostdeutschen flohen nach Westdeutschland und anderen westlichen Ländern.
Heutzutage hat Budapest zwei Millionen Einwohner und würde mehrmals an jeder Liste der hervorragenden Erfindungen erscheinen. Die erste U-Bahn des Kontinents wurde hier erbaut. Viele berühmte Filmer von Hollywood stammen aus dieser Stadt. Budapest war die Heimatstadt weltberühmter Erfinder wie Kálmán Kandó, der die elektrische Eisenbahn erfand und János Irinyi, der einer der früher Entwickler des Streichholzes war. Die zwei berühmteste Komponisten - Béla Bartók und Zoltán Kodály - lebten in Budapest und der Nobel Preis Gewinner Imre Kertész ist auch hier geboren.