Der vom Heiligen Johann gegründete Orden der Barmherzigen Brüder eröffnete im Jahre 1796 eine Hospitalsapotheke in Pécs. 1891 wurde die Nordfront der Kirche und des Apothekenflügels im Neorenaissance Stil umgebaut.
Die mit Nussbaumverkleidung angelegte Einrichtung der ehemaligen Apotheke der Barmherzigen Brüder wurde Ende des 18. Jahrhunderts im Stil von Ludwig XVI. angefertigt. Die Kuriosität der Möbel besteht vor allem darin, dass die stilisierte Granatapfeldarstellung an ihnen erscheint. Der Granatapfel war im griechischen Kulturkreis ein Symbol für die Fruchtbarkeit, im Mittelalter symbolisierte es dagegen das Erbarmen von Maria, so konnte der Apfel später zum Emblem der Barmherzigen Brüder werden. Während der Restaurierung der Wandbildmalereien wurden teils der Vernichtung verfallene Fresken entdeckt. Es kamen vor allem Heilpflanzendarstellungen zum Vorschein, wie zum Beispiel der gemeine Stechapfel mit dem die Pharmazie symbolisierenden Schlangenkelch, beziehungsweise der Fingerhut und die Mohnblume mit dem Mohnkopf. Die Einrichtung gelangte nach vierzigjähriger Odyssee etwas unvollständig an ihren alten Platz zurück, trotz alledem zählt diese Museumsapotheke jedoch zu den wertvollsten Repräsentanten, die heute noch in Betrieb gehalten werden.
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