Im Jahre 2000 wurde das Museum an seinem heutigen Standort in der Szabadság Straße 2 eröffnet. Das Museum und seine Sammlungen aber wurden bereits vor 100 Jahren von der Stadt Pécs gegründet. Die Sammlungen haben sich im Laufe der Zeiten geändert und mussten mehrmals neu gegründet werden. Die Tradition fortsetzend haben die Vorgänger des Museums das Fachmaterial durch Forschungen sowie die Übernahme und den Kauf von Privatsammlungen ständig erweitert und so wurde das Museum zu einem der bedeutendsten Bewahrer und Präsentationsorte für die Naturschätze Baranyas und Südtransdanubiens aus der Vergangenheit und Gegenwart. Einen besonderen Wert stellen die botanische Sammlung von Adolf Olivér Horváth, die Vogeleiersammlungen von Sammlern aus Pécs und Umgebung sowie die von Antal Gebhardt gegründeten Käfersammlungen dar, die von ihm in den letzten Jahrzehnten durch systematische Erforschung im Rahmen von Gebietserschließungen ergänzt wurden. Ebenfalls interessant ist auch die umfangreiche Sammlung tropischer Schmetterlinge und von Meeresschnecken. In dem Museum werden auch die in der Nähe von Pécs ausgegrabenen Überreste eines Mammuts und ein Fußabdruck des "Mecseker Dinosauriers" aufbewahrt. Das Museum präsentiert seine Sammlungen und Forschungsergebnisse in Studienbänden und Ausstellungen. In den derzeitigen Ausstellungen, die den Titel "Landschaften im Baranya" tragen, werden den Besuchern kleine, aber an Naturschätzen reiche Landschaften - das Mecsek-Gebirge, das Villányer-Gebirge und die Flüsse Donau und Drau mit ihren Überschwemmungsgebieten - mit ihrer charakteristischen Flora und typischen Fauna vorgestellt. Die hier lebenden Pflanzen und Tiere repräsentieren ein für die Landschaft charakteristisches einzigartiges "Gemisch" der Arten, die in Gebieten mit mediterranem, atlantisch-pannonischem und kontinentalem Klima verbreitet sind.
Das Museum bietet neben den Ausstellungen über die Landschaften Baranyas in den alle 2 bis 3 Monate wechselnden Ausstellungen auch eine Kostprobe aus den Wanderausstellungen ungarischer und ausländischer Museen.
Das Naturwissenschaftliche Museum empfängt seine Besucher das ganze Jahr über mit Museumsbeschäftigungen, die eng mit den Sammlungen und Ausstellungen verknüpft sind, mit der Jahreszeit verbundenen Museumsprogrammen und von Spezialisten geführten Museumstouren.