Auf den Pécser Aufenthalt der Franziskaner hatte zuerst eine Urkunde aus dem Jahre 1280 verwiesen. Die Kirche hat ihre heutige im eklektischen Stil errichtete Form den Umbauarbeiten des Jahres 1925 zu verdanken, der Kern der Kirche stammt jedoch aus dem Mittelalter sowie aus barocker Zeit. Die im Mittelalter hier stehende Kirche wurde von den Türken zum Dschami umgebaut. Das war das Dschami des Paschas Memi. Aus der Beschreibung des türkischen Handelsreisenden Evlia Tschelebi wissen wir, dass in dem Gebäude neben dem Dschami des Paschas Memi, das dereinst als Kloster der Franziskaner fungierte, eine Medresse, das heißt eine Hochschule eingerichtet war. Laut der Erzählung des berühmten Reisenden handelte es sich um ein Bleidachgebäude, das einen Harem, ein Minarett und eine Gebetstelle umfasste. Nach der Türkenherrschaft wurden das Gebäude und das Kloster den Franziskanern zurückerstattet, die dann im Jahre 1720 mit dem Neubau begannen. Sie verkauften das Blechdach des Dschamis und finanzierten aus den Einnahmen die Kosten der Bauarbeiten. 1737 wurden die Kirche und das Kloster fertig gestellt. In den 1880er und 1890er Jahren, sowie im Jahre 1925 wurde die Kirche umgebaut, ihr ursprünglicher barocker Turm steht jedoch bis heute. Der Gebäudekomplex ist das schönste Werk des Pécser Barock. Die Giebelfeldfassade wird von dem Gemälde des Ernő Gebauer geziert. Im Inneren blieb die barocke Einrichtung größtenteils erhalten. Das 1737 angefertigte Bild des Hauptaltars stellt die "Verzücktheit des Heiligen Franz von Assisi" dar. Der St. Anna-Altar stammt aus dem Jahre 1758, der St. Antal-, Borbála- und Katalin-Altar, sowie die Kanzel stammen aus dem Jahre 1768. Die Einlageschränke der Sakristei sind die Arbeiten des Ordensbruders Lukács Jani aus dem Jahre 1745. Die allgemein beliebte Pécser Sehenswürdigkeit der Adventzeit ist die in der Kirche jedes Jahr aufgestellte lebensgroße aus geschnitzten Holzfiguren zusammengestellte in dieser Größe in Ungarn als unübertroffen geltende Krippe. Zu der Kirche gehört auch eine Gruft, in der über 300 Verstorbene bestattet wurden.